При всех своих недостатках "горбатый" был, во-первых, небольшим и легким, а во-вторых, относительно дешевым автомобилем. Существовала такая негласная установка: ЗАЗ должен стоить тысячу бутылок водки. Долгое время это соотношение идеально соблюдалось: "Запорожец" дорожал только вместе с водкой, за что ему прощались все недостатки. Новый ЗАЗ-966 был значительно дороже предшественника, поэтому компенсировать свои изъяны ему практически нечем.

В числе главных недостатков ЗАЗ-965 - тесный салон с высоким уровнем шума, "кукольный" багажник, склонность двигателя к перегреву и откровенно устаревшая конструкция дверей, подвешенных на задних петлях. Инженеры, работавшие над новым автомобилем, выбрали трехобъемный кузов, что позволило увеличить багажник и разместить пассажиров с большим комфортом.

На серийных ЗАЗ-966 решили отказаться от "крылатой" хромированной накладки, находящейся в пространстве между фарами. Эту накладку заменили фальшрадиаторной решеткой. По замыслу дизайнеров, решетка должна была придать машине некую "статусность", показать, что "ушастый" "Запорожец" - автомобиль более высокого класса, чем был на самом деле. Но в реальности это выглядело довольно комично, поэтому при последующей модернизации машине вернули настоящее "лицо".

А вот знаменитые "уши" на новом "Запорожце" появились сразу, на первой же версии, и в ходе дальнейших поисков ни разу не исчезали. Любопытно, что в период разработки ЗАЗ-966 специалисты НАМИ изучали американский заднемоторный Chevrolet Corvair именно с целью перенять опыт воздушного охлаждения расположенного сзади двигателя. Однако Chevrolet Corvair обходился без каких бы то ни было боковых воздухозаборников, а "Запорожец" от хронического перегрева не спасали даже "уши".

Двигатель и кузов новой модели готовили к производству параллельно, но 30-сильный мотор ЗАЗ-966 увидел свет намного раньше: им начали оснащать модернизированную версию "горбатого" - ЗАЗ-965А. "Сверху" предложили повременить с обновленным "Запорожцем" и не выпускать на внутренний рынок одноклассника-конкурента. Хотели подождать, пока спрос на "горбатого" начнет падать.

Радикальное изменение внешнего облика исходного прототипа привело к тому, что будущая микролитражка "второй серии" больше стала напоминать распространенные автомобили-самоделки: в таких машинах узнаваемые элементы кузовов серийных автомобилей причудливым образом сочетались с "эпоксидными" плодами буйной фантазии "самодельщиков". Практически ровный молдинг на торце капота этой версии переходил в резкие изломы над фарами, отчего "мордашка" автомобиля приобрела откровенно свирепое выражение. Под фарами красовались аляповатые подфарники, объединенные в один блок с поворотниками и хромированными накладками, заходящими на боковины кузова. Картину "праздника в сельском клубе" завершала все та же хромированная накладка на "носу".

К счастью, поисковые проекты не были приняты к дальнейшему рассмотрению.Запущенный в серию автомобиль ЗАЗ-966 обладал вполне органичной внешностью, обусловленной, с одной стороны, особенностями конструкции, а с другой - влиянием актуальных для того времени тенденций.

Создавая новый автомобиль, запорожские конструкторы не ограничились внешними изменениями. Ревизии были подвергнута и механика.

Главным нововведением стала задняя подвеска с более совершенной кинематической схемой: вместо доставшихся в наследство еще от FIAT-600 диагональных рычагов и качающихся полуосей, на каждой из которых было по одному шарниру, появились продольные А-образные рычаги и полуоси с двумя шарнирами (внешние - карданные, внутренние - типа "колокол"). Специально для ЗАЗ-966 была разработана и новая коробка передач, однако комплектовать ею новые "Запорожцы" начали не сразу. Некоторое время ЗАЗ-966 сходили с конвейера лишь в переходном варианте - со старой КПП и 30-сильным двигателем МеМЗ-966 рабочим объемом 887 см³. Эта компромиссная, "слабосильная" версия получила индекс "966В". Она использовалась и при создании модификаций с ручным управлением для инвалидов.

Лишь год спустя было начато производство собственно ЗАЗ-966 с новыми 40-сильными двигателями МеМЗ-968 рабочим объемом 1198 см³ и новыми КПП.

За семь лет производства (в 1971 году появился обновленный ЗАЗ-968, еще год версии 966 и 968 выпускались параллельно) ЗАЗ-966 неоднократно подвергался мелкой модернизации.
Так, еще в 1966 году на предсерийных машинах рычаг переключения передач представлял собой небольшую "ручку", располагавшуюся на торпедо справа от панели приборов. В серийном варианте от этой "фишки", усложняющей конструкцию и делающей ее менее надежной, отказались.
Шильдик "запорожец", украшающий на предсерийных образцах передние крылья, перекочевал на правую по ходу движения сторону крышки багажника, а его место заняли позаимствованные у 965-й модели повторители поворотов. Совсем недолго продержались в серии и горизонтальные рассекатели в боковых воздухозаборниках.
До середины 1968 года новые "Запорожцы" имели по одному рабочему цилиндру на тормозах передних колес и оснащались рулем из белого пластика с кольцевой кнопкой звукового сигнала, как на "горбатом". В 1969-м руль "почернел", а изначально двухсоставные бамперы стали четырехсоставными: угловые клыки начали выпускать отдельными деталями.
В 1971 году бамперы стали трехсоставными, "потеряв" центральный стык.
До конца 1970 года небольшие фонари по краям передней декоративной решетки выполняли функции и подфарников, и основных передних поворотников.
С 1971-го эти фонари стали только подфарниками, а на скругленных ребрах передних крыльев под фарами установили самостоятельные оранжевые поворотники. При этом исчезли боковые повторители поворотов и шильдик на крышке багажника.
В 1971 году на "Запорожцах" с 40-сильным двигателем появились фонари заднего хода. У 30-сильной модификации сделанные под фонари выштамповки были "глухими". Кстати, это единственный внешний признак, позволяющий со стороны отличить ЗАЗ-966 от ЗАЗ-966В. Кроме того, модернизации подвергались резиновые уплотнители окон, дверные замки, обвка салона, барабаны тормозов задних колес, "уши" и некоторые другие детали.

С ноября 1966 по май 1969 года ЗАЗ-965 и ЗАЗ-966 выпускались параллельно, поскольку спрос на "горбатого" не падал. По мнению специалистов, ЗАЗ-965 можно было выпускать и дальше, однако Госплан СССР вынудил завод свернуть производство. Сумел ли ЗАЗ-966 в полной мере заменить предшественника? И да, и нет.
С одной стороны, новый "Запорожец" во всех отношениях стал больше похож на "полноценный" автомобиль: комфортный, мощный, с хорошими скоростными и динамическими показателями. При этом практически не снизилась проходимость: семейство "Запорожцев" с 966-й по 968-ю версии превосходило в этом и "Москвичи", и всю классическую линейку "Жигулей", и "Волгу" ГАЗ-24.
С другой стороны, у ЗАЗ-966 выросла цена. Если ЗАЗ-965 стоил 1800 рублей, ЗАЗ-965А - 2200 рублей, то цена нового "Запорожца" сразу поднялась до трех и более тысяч (в 1969 году ЗАЗ-966В стоил ровно 3000 рублей). Он оставался относительно доступной для "широких народных масс" машиной, но уже не в той степени, как его предшественник. При этом человек, накопивший-таки на вожделенное транспортное средство и выложивший за него немалую по тем временам сумму, получал "не совсем полноценный" автомобиль даже по сравнению с не очень комфортными и качественными "Москвичами". По-прежнему грелся двигатель, плохо работала печка, в салоне (особенно на задних сиденьях) было не слишком просторно. Если "скромному" и, главное, дешевому "горбатому" все недостатки прощались, то от "настоящего" ЗАЗ-966 ждали большего.